研究所主要面向国家在湖泊环境治理与生态修复、湖泊资源合理利用与保护以及经济发达地区可持续发展等领域的紧迫要求，结合国际湖泊－流域科学发展态势和科学前沿，以探索自然和人文要素驱动下湖泊（含人工湖泊水库）－流域系统过程、格局及其相互作用规律为基础，开展湖泊资源、环境及区域可持续发展研究。目前在研各类重大重点项目100余项，其中，国家973项目3项，国家重大水专项项目1项，课题3项，科技部基础工作专项1项，国家自然科学基金80余项，包括国家杰出青年基金3项，国家自然科学基金重点项目4项，重大基金课题1项，面上项目70余项。

　　目前研究所已在湖泊沉积与环境演化、湖泊水环境与污染治理、流域环境与发展等方面取得了重要研究进展。在湖泊沉积与环境演化方面创新发展了湖泊环境要素定量重建的手段，揭示了我国不同时间尺度区域环境演化的过程与规律、青藏高原隆升与季风环流的关系、季风和西风环流影响下的我国大陆区域环境演化的分异过程以及人与自然相互作用的湖泊环境响应过程，形成迄今为止我国湖泊沉积与区域环境演化研究领域最为系统且最具特色的成果；在湖泊水环境与污染治理方面揭示了大型浅水湖泊水动力过程、界面交换与湖泊富营养化的关系，阐明了蓝藻水华形成的基本规律及气象与水文条件对蓝藻水华形成的驱动机制，建立了太湖水动力－富营养化模拟及蓝藻水华预测预警模型，发展了湖泊污染负荷控制与生态系统修复的理论与技术；在流域环境与发展方面成功研制了洞庭湖与鄱阳湖区江湖耦合水动力模型以及太湖平原区分布式水文模型与营养盐产出输移模型，阐明了三峡工程蓄水运行对不同水文年洞庭湖和鄱阳湖各月水位的影响幅度及其空间差异，揭示了流域土地利用变化对洪水加剧的影响方式与小水大灾的形成机理；模拟估算出近20年太湖流域土地利用变化引起的营养盐产出与输移通量。

　　创新三期以来，研究所主持获得国家自然科学二等奖1项，参与主持获得国家自然科学二等奖和国家科技进步二等奖各1项，江苏省科技进步二等奖6项；五年累计发表科技论文总数2000余篇，其中SCI 论文500余篇；出版专著30余部；获得专利授权60余项，其中发明专利近50项。

　　创新成果取得了较好的国内外反响。美国著名古湖泊学家Steven M. Colman 等认为我所青海湖湖泊沉积研究系列成果引领了国际古湖沼学研究；云南洱海全新世沉积研究被PAGES（2006）第5 主题作为人与自然相互作用研究的范例；大型浅水湖泊水动力过程、界面交换与湖泊富营养化的关系研究成果，在国际湖沼学顶级期刊《Limnology and Oceanography》连续发表，成为该杂志近60 年来首次刊登的来自中国湖沼学领域科学家的论文；《Science》和《Nature》对我所营养盐负荷估算与控源截污以及区域环境演变模拟等研究成果进行了专项评述或作为亮点报道。