2月11日,在中国科学院2023年度工作会议上，研究所主持的“湖泊鱼类资源利用与水生态协同修复关键技术研发及应用”团队受到表彰，荣获中国科学院科技促进发展奖。

　　2月27日,研究所湖泊与环境分析测试中心获得“国家检验检测机构资质认定（CMA）证书”。

　　3月19日至22日,全国湖泊水资源调查技术培训会议举办，研究所多位科学家为中国地质调查局系统学员讲解湖泊水资源调查的理论知识与技术方法。

　　3月30日,湖泊与流域水安全重点实验室召开第一次全体大会暨第一届学术委员会第一次会议。会议听取并审议了实验室主任张运林研究员关于实验室组建方案的报告。

　　4月8日至12日,研究所所长张甘霖访问中-非联合研究中心，期间赴水资源与生态环境实验室、东非大湖与城市生态联合研究站、维多利亚湖姆万扎中心实验室等地开展调研。

　　4月12日,研究所与坦桑尼亚渔业研究所完成“坦桑尼亚大湖流域水环境保护能力提升与技术合作”仪器设备交接仪式。研究所所长张甘霖、中国驻坦桑尼亚大使馆公使衔参赞索鹏以及坦桑尼亚渔业部相关领导出席仪器交接仪式。同日，研究所联合坦桑尼亚渔业研究所、中国科学院中-非联合研究中心在达累斯萨拉姆共同举办 “湖泊-流域系统生态环境与水安全”培训会。

　　5月12日,昆明滇池管理局调研研究所。双方就滇池水资源管控、水质提升、底泥修复以及面源治理等进行深入交流。

　　5月31日至6月2日,中国科学院科技促进发展局张鸿翔副局长赴江西鄱阳湖及其流域开展“长江流域可持续发展”专题调研，并在鄱阳湖站召开了专题座谈会。

　　6月1日,南京市委副书记、市长陈之常调研研究所，希望研究所加强基础研究，加大“卡脖子”技术攻关，促进科技与产业深度融合，推动更多科技创新成果在宁转化。

　　6月20日,合肥市委副书记路军调研研究所，深入交流巢湖综合治理的思路和方法。

　　6月27日,江西省、江苏省及南京市发展和改革委员会相关领导赴我所，针对生态产品价值实现相关工作开展专题调研。

　　7月,研究所科学家研发的污浊水体水生态修复技术成果荣获“首届江苏专利奖优秀奖”。

　　7月1日至2日,第三届长江保护与绿色发展高端论坛举行。期间中国地理学会长江分会召开2023年工作会议暨第八届委员会成立会，段学军副所长当选新一届委员会主任。

　　7月6日至7日,坦桑尼亚畜牧渔业部副部长David Ernest SILINDE一行访问研究所。

　　7月10日至14日,研究所成功举办“霞客行”大学生夏令营，与来自全国各地51所高等院校的83名优秀本科生共赴精彩难忘的科学之旅。

　　7月12日,研究所主持的“中国湖泊综合调查关键技术与数据集成应用” “气候变化与营养盐富集对蓝藻水华的协同放大机制及应对”两项成果分别荣获江苏省科学技术一、二等奖。

　　7月22日至8月13日,南京地湖所“青藏湖泊科考团队”先后完成了对青海湖、扎陵湖、鄂陵湖、星星海、阿涌吾尔玛错、岗纳格玛错、寇察错、苦海、冬格措纳、阿拉克湖、阿其克库勒湖和鲸鱼湖共12个湖泊的综合调查。至此，为期5年的第二次青藏科考“湖泊演变及气候变化响应”专题的大规模野外科考工作基本完成。

　　7月28日至29日,由研究所牵头发起的“国家野外站服务长江流域水生态系统安全联合观测研究行动”启动会在南昌召开，成立了长江流域野外台站联盟，开展流域联网观测研究。

　　8月1日至2日,研究所在太湖湖泊生态系统国家野外科学观测研究站召开贯彻落实院党组决策部署工作推进会议暨抢占科技制高点研讨会。所领导、学术委员会委员、全体研究员、部门负责人、党支部书记共六十余人参加会议。

　　8月22日,江苏省副省长方伟调研研究所，深入交流太湖及其流域综合治理。省政府副秘书长黄澜等陪同调研。

　　9月8日，段学军副所长主持的国家重点研发计划“村镇建设资源环境承载力测算系统开发”项目顺利通过综合绩效评价。

　　9月23日至10月8日,第19届亚运会在杭州举办。研究所“亚运水环境科技保障团队”科学家坚守亚运会一线，开展蓝藻预测预警与应急监测处置等工作，为圆满完成亚运水环境质量保障任务提供了科学支撑。

　　9月27日,研究所与莫斯科国立罗蒙诺索夫大学签署合作谅解备忘录，并就共同推动土壤学、环境科学等领域的合作展开深入探讨。

　　10月,研究所主办的第17届东亚欧地区国际学术研讨会在抚仙湖站顺利举行。

　　10月19日,中国科学院科技促进发展局文亚局长调研南京地湖所。

　　10月20日,全国政协常委、安徽省政协副主席郑永飞调研南京地湖所陈庄知识乡村试验站，深入交流乡村振兴、小流域综合治理、现代农业发展。

　　11月,研究所太湖站、鄱阳湖站、抚仙湖站及天目湖站入选首批国家生态质量综合监测站。

　　11月,研究所获批新设“环境科学与工程”博士后科研流动站。

　　11月17日,研究所与韩国基础科学研究所签订科技创新合作计划备忘录。

　　12月,研究所信息中心发布了太湖湖泊及其流域一体化全要素数据产品库（2000-2020年），为太湖流域相关研究提供科学支撑。

　　12月14日,研究所与农工民主党中央社会服务部签署合作备忘录，双方就太湖定点监测、综合治理、饮用水水源地保护等重点课题研究开展合作与咨询，服务国家决策。

　　12月28日,高俊峰研究员牵头编制的国家标准《水生态健康评价技术指南》（GB/T 43476-2023）在全国标准信息公共服务平台上发布。