潘加尼河流域，流域面积约为5.63万平方公里，其中有95%的面积位于坦桑尼亚，另有5%位于肯尼亚境内，流域内面积大于0.1平方公里的湖泊约有17个，著名的乞力马扎罗山也位于在此流域内。吉普湖湿地是潘加尼流域的主要水源和蓄水库，也是坦桑尼亚第二大的水力发电、供水和灌溉河流。该流域内大部分地区全年温度较高，1月-2月最高温度达到32℃-35℃，7月-8月温度最低，约为14℃-18℃。此外，该流域的降雨量呈双峰型，10月、11月至12月为短雨季，3月至5月为长雨季，7月至10月为旱季，乞力马扎罗山、梅鲁山和乌桑巴拉山山脉位于盆地的北部和东部，与沿海地区一起，每年的降雨量在650-3150毫米之间，中西部地区属于半干旱到干旱气候，年降雨量在350-650毫米之间。研究发现潘加尼河流域的地表水和地下水在旱季和湿季的营养盐含量差别较大，在旱季硅酸盐含量增加，湿季硝酸、铵、磷、尿素含量增加，除了磷酸盐外，其他养分均从上游向河口流时带入。潘加尼河对印度洋沿岸的亚硝酸盐、磷酸盐、铵、硝酸盐和硅酸盐的贡献率分别为2.6、39.0、45.2、67.4和5444.8（mol/km²/yr）。