理事会由依托单位、联合建设单位（中科院生态环境研究中心、中科院地球化学研究所、中科水治理公司）等方面的管理和技术专家组成，设理事长1人，副理事长2人，每届任期3年。理事会主要负责聘任工程实验室主任、确定工程实验室发展方向和重要研究领域、审议和批准财务预决算等重大事宜的决策；理事长由理事会推选产生。
